しばらくしてチェックしてみると、相変わらずいくつかの wiki でエラーになっていて、しかも一度エラーになると httpd を HUP させるまでその wiki がアクセスできない、という状態になっていました。
あらためてちゃんとログを観察してみると、エラーが発生しはじめた時刻に、OPTIONS メソッドのアクセスが記録されていました。何故 OPTIONS メソッドでアクセスしたいのかとか、何故 OPTIONS メソッドを食らうと FastCGI がサービス不能になるのかとかはわかりませんが、wiki 側では GET と POST 以外は無用ですので、
<LimitExcept GET POST> Order deny,allow Deny from all </LimitExcept>
という設定にしてみました。
[追記] 激しく書き間違えていたのを修正しました。
[追記] その後もなぜか OPTIONS メソッドが拒否されていなかったので、mod_rewrite で以下のように対応しました。ちゃんと Forbidden になるのは確認したけれど、これでささらなくなるかな?
RewriteCond %{REQUEST_METHOD} OPTIONS RewriteRule .* - [F,L]